Sejak Zaman Tarumanegara, Jakarta Sudah Sering Banjir Tahun 1699 ketika Gunung Salak meletus, pantai Jakarta bertambah luas 75 m dan saluran-saluran mampet.

Banjir atau genangan air dan berawa-rawa ini merupakan penyakit menahun bagi Jakarta sejauh ingatan orang, dan malah dalam masa yang sudah lama hilang dari ingatan Jakarta selalu diganggu oleh masalah air. Dari masa yang paling dini, semasa kerajaan Tarumanagara, prasasti Tugu sudah menyebutkan adanya banjir dan penanggulannya dalam abad ke lima Masehi.
Entah mengapa, orang tetap suka wilayah yang sering banjir dan berawa-rawa ini. Berabad-abad setelah Purnawarman, pendatang-pendatang asing mengunjungi bandar yang bernama Jakarta atau Jayakarta yang letaknya di muara Ciliwung. Kota ini seakan-akan terletak di rawa, terpisah dari teluk oleh gosong-gosong lumpur, yang pada waktu surut hanya digenangi oleh air hampir satu kaki. Dalam musim hujan kota ini tak jarang digenangi oleh air limpahan Ciliwung atau Sungai Besar, sedang di musim air kemarau airnya sangat sedikit.Keadaan tata air, di Jakarta dikatakan sangat buruk.
Itu kata pengamat Belanda, yang waktu itu masih berdagang dan kapal-kapalnya sering menyinggahi bandar itu. Tetapi tempat yang tata airnya buruk itu agaknya mempunyai daya-tarik besar. Buktinya mereka minta dan diberikan izin oleh penguasa Jayakarta untuk mendirikan gudang dan pangkalan di muara Ciliwung. Gudang yang merangkap kantor itu didirikan pada tahun 1612 di sebelah timur muara kemudian ditetapkan menjadi kantor pusat, tempat pertemuan kapal-kapal Belanda dan pusat perdagangan. Pilihan itu jatuh pada kota Jakarta karena letaknya di tengah jalur pelayaran ke Timur (Maluku) dan Barat. Dalam pertikaiannya dengan bupati Jayakarta, dan Inggris, akhirnya pada tahun 1619 Jakarta diserbu dan dibakar habis.
Belanda menggali parit
Di atas puing-puing Jakarta didirikan kota yang diberi nama menurut nama benteng tertua, yakni "Batavia". Kota itu dibangun menurut pola perencanaan sebuah kota Belanda. Terusan-terusan digali berhubungan dengan Sungai Besar (Ciliwung). Terusan yang memotong-motong kota dimaksudkan untuk drainase dan lalulintas air, sedangkan yang dibuat melingkungi kota tujuannya ialah pertahanan.
Pendangkalan parit
Karena sungai membawa lumpur dari pegunungan, maka kemudian terusan-terusan itu mengalami pendangkalan. Untuk mengatasi itu diadakan pengerukan-pengerukan. Pengembangan kota mula-mula ke arah Selatan dan Timur, kemudian juga ke arah Barat, jadi ke tepi kiri Ciliwung memerlukan perluasan sistem terusan ini. Di dalam kota Batavia terdapat sejumlah enambelas terusan yang masing-masing diberi nama seperti Tijgergracht, Garnalengracht, Moorschegracht dan sebagainya.
Pada pertengahan abad ke-17 sistem terusan itu diperluas sampai sungai-sungai di luar kota. Perluasan ini sangat penting, sebab dengan demikian persawahan dan ladang tebu di luar kota dapat diairi di samping menjamin pengaliran air ke dalam kota, karena di musim kemarau air Ciliwung sering tidak memadai.
Dalam tahun 1647 digali terusan Amanus (sekarang masih mengalir sepanjang Bandengan Utara) di sebelah Barat dari Kali Angke dan terusan Ancol di sebelah Timur dari Kali Sunter ke arah kota. Selanjutnya antara 1653 dan 1659 digali terusan Bageracht (Kali Jelakeng sepanjang Jl. Pekojan) yang menghubungkan Kali Angke dengan Kali Krukut, anak sungai Ciliwung. Antara 1678 dan 1686 digali terusan Mookervaart (yang sampai sekarang masih terlihat di sebelah kiri jalan raya Jakarta ke Tangerang) dari Cisadane di Tangerang ke Kali Angke. Sementara itu pada pertengahan abad ke-17 di sebelah Selatan Ciliwung di sebelah Selatan antara benteng Jacatra (di ujung Jl. Jakarta sekarang) dan benteng Noordwijk (di seberang Hotel Sriwijaya sekarang) dibelokkan alirannya yang sekarang merupakan terusan yang ada di sepanjang jalan Gunungsahari dan membelok ke Pasar Baru-Jalan Juanda dan dihubungkan dengan terusan Molenvliet (di bundaran Harmoni sekarang).
Banjir lumpur Gunung Salak
Nama Molenvliet dihubungkan dengan kilang-kilang gula (molen= kilang). Karena dari sini harus diambil aliran air untuk penggerak kilang-kilang itu, maka air Ciliwung dibendung di Pintu Air, sekarang dekat Mesjid Istiqlal.
Pembuatan terusan-terusan dan saluran air lainnya mungkin memang berguna untuk pertahanan kota, lalu lintas air dan pertanian, tetapi tata air di sekitar Jakarta mengalami kemunduran. Sistem jaringan terusan itu malah menambah bahaya banjir dan pengendapan lumpur. Area tanah yang digenangi air tak mengalir makin luas.
Dalam keadaan tata air demikianlah pada tahun 1699 Betawi ditimpa musibah meletusnya Gunung Salak yang mendatangkan banjir lumpur dari pegunungan disertai dengan hujan abu yang lebat. Semua jalan air tersumbat lumpur. Pertambahan tanah pada pantai juga makin memperburuk keadaan masalah drainase yang sudah dalam keadaan tak baik.
Garis pantai berpindah sekitar 75 meter ke arah laut dalam waktu sebulan, yang setengahnya terjadi pada tanggal 4 dan 5 Januari sesudah letusan Gunung Salak itu. Setiap banjir, lumpur menyumbat jalan air kembali, padahal pada musim kemarau sebelumnya dikeruk dengan susah payah. Cara melancarkan jalan air dengan pengerukan itu hanya bisa bertahan beberapa tahun, sehingga orang berdaya untuk mengatasi masalah banjir yang datang setiap musim hujan.
Pencemaran oleh kilang tebu
Pada waktu ini pencemaran air sudah mulai menjadi masalah. Pengendapan lumpur di kali dan saluran lainnya kecuali disebabkan oleh sebab-sebab alami jugaditambah dengan adanya kilang-kilang gula dan persawahan di luar kota. Kilang-kilang gula membutuhkan air, sebab itu selalu dibangun di tepi air, terutama tepi Ciliwung. Semua produk limbahannya, terutama ampas tebu dibuang ke kali. Juga konon meluasnya areal persawahan di luar kota menjadi penyebab pengotoran air sungai. Ada catatan dari tahun 1701 di daerah hulu Ciliwung, yang waktu itu tiada sawahnya, airnya jernih, hilirnya di daerah Seringsing sudah kotor dan berlumpur.
Untuk membebaskan saluran-saluran dari lumpur dipakai cara-cara yang bersahaja. Dalam tahun 1685 di terusan dekat Kasteel sudah ada alat pengeruk mekanik, tetapi agaknya kurang berhasil. Kalau kompeni harus turun tangan sendiri, mereka mengerahkan narapidana yang melakukan pengerukan dengan tangan dan alat seperti pacul dan keranjang.
Sejak tahun 1700 dipergunakan tenaga pekerja rodi dari daerah Karawang, Ciasem, Pamanukan, dan Cirebon. Tetapi Kompeni hanya mau mengurusi daerah yang langsung menyangkut kepentingannya sendiri seperti sekitar Kasteel dan terusan pelabuhan, sedang untuk terusan-terusan  lain, para penduduk sendiri harus mengurusnya.
Buang sampah seenaknya
Ini dilakukan dengan macam-macam cara. Pernah diundangkan bahwa setiap penghuni harus mengeruk lumpur di parit depan rumahnya atas biaya sendiri. Ini berlaku sampai tahun 1809. Kemudian orang harus membayar semacam pajak dan kotapraja yang mengerjakannya. Dalam tahun 1686 ditarik biaya sebesar seperempat jumlah sewa rumah. Pada waktu Daendels dan tahun-tahun pertama pemerintahan Inggris, tidak dilakukan pengerukan sama sekali, sehingga pada tahun 1815 semua terusan dalam kota penuh lumpur.
Kecuali lumpur dari laut dan sungai terusan-terusan Belanda itu sudah dicemari oleh kebiasaan buruk membuang sampah seperti daun-daun, kotoran kuda, sampah dapur, sampah jalan, puing bangunan, bahan pembungkus barang dagangan, semuanya diceburkan seenaknya ke air. Bak sampah sudah ada dalam tahun 1674, tetapi pengangkutannya tak tentu sehingga sampah membusuk menimbulkan bau.
Belakangan pengangkutan sampah dilakukan dengan perahu sampah yang berkeliling pada jam-jam tertentu, kedatangan sampan itu diumumkan dengan bunyi-bunyi agar orang siap menyerahkan sampahnya.
Perbaikan tata air
Dalam tahun 1728 dibuat sodetan dari Ciliwung di bilangan atas daerah Weltervreden (kira-kira wilayah Jakarta Pusat sekarang) ke lembah Cidang (Cideng). Karena lembah itu termasuk daerah aliran sungai Krukut, anak sungai Ciliwung, pengalihan itu tak bermanfaat banyak bagi kota. Sodetan itu kini sudah tak ada.
Tak lama setelah berkuasanya Van Imhoff dalam tahun 1746 diusahakan untuk mengalirkan air banjir dengan menggali saluran baru dari terusan yang melingkungi kota di sebelah timur ke laut (sekarang daerah Pasar Pisang). Di belakang Kasteel (di muara Ciliwung sebelah barat) dibuat pintu-pintu air yang dimaksud untuk melancarkan pembuangan lumpur. Sebaliknya daripada melancarkan, pintu air itu malah memperbesar pengendapan. Setelah itu bagian kota itu ditinggalkan. Orang lalu pindah ke sebelah selatan kota, di tepi Molenvliet. Usaha memperbaiki tata air ditinggalkan pula.
Di permukiman baru itu agaknya masalah air itu masih cukup mengganggu, sehingga usaha perbaikan lain terpaksa dilakukan juga. Sampai akhir abad ke-18 keadaannya bukan menjadi baik tetapi malah sebaliknya. Demikianlah keadaannya menjelang akhir hidup Kompeni, yang pada pertukaran abad ke-19  diambilalih oleh Negara Belanda.
Gubernur Jenderal Daendels yang merupakan pemegang kuasa pertama dari pemerintah Belanda, mencari pemecahannya dengan memindahkan kota ke Weltevreden sambil membiarkan tata air dalam keadaan sebagaimana adanya.
Junghuhn ketinggalan kapal
Agaknya orang tidak belajar dari pengalaman Van Imhoff dalam pertengahan abad ke-18, bahwa orang tak bisa menyelesaikan masalah air dengan menghindarinya. Hal ini harus dialami lagi dalam pertengahan abad ke-19.Di kota yang baru pun banjir berkali-kali melanda mengingatkan bahwa masalahnya belum dipecahkan.
Dalam bulan Januari 1832 sebuah pagelaran Deutsche Militaer Liebhaber-Theater terpaksa dibatalkan karena banjir di Weltevreden. Dalam bulan Januari 1832 peneliti alam termasyhur Junghun akan berangkat dengan kapal api dari Betawi. Untuk tidak ketinggalan kapal, tengah malam buta ia sudah berangkat ke kota yang sedang dilanda banjir. Dalam keadaan gelap gulita ia lalu mengerobok air untuk mencari perahu yang bisa membawanya ke kapal. Tetapi waktu itu tepian dan kali telah menjadi satu ... tiba-tiba ia kehilangan pijakannya sehingga air melampaui kepalanya dan akhirnya sang kapal mengangkat sauh di depan hidungnya.
Dalam tahun 1872 terjadi lagi banjir besar dengan tinggi air melampaui 1 m yang melanda baik kota bawah maupun kota atas, padahal Departemen Tata Air dan Pekerjaan Umum yang seharusnya menangani masalah ini sudan didirikan dalam tahun 1854. Sehingga orang mengejek singkatan B.O.W. (Burgerlijke Openbare Werken) sebagai Batavia Onder Water (Betawi di bawah genangan air).
Waktu itu pemecahan diusahakan, antara lain dengan membuat suatu sodetan pada Kali Grogol dan Kali Krukut. Selanjutnya pengendalian air dengan pintu-pintu pada hilir Kali Krukut di Karet dan Kali Grogol di Jembatan Besi, pula pada terusan Bageracht di Kampung Gusti, pada Kali Angke dan di Jembatan Dua. Ciliwung dibuatkan lagi saluran baru dari Gunungsahari ke arah Ancol dan pembuatan pintu air di Jembatan Merah. Pada waktu itu juga kali Cideng di belokan lewat Kebon Sirih.
Banjir kanal
Dalam tahun-tahun berikutnya ternyata bahwa usaha-usaha itu belum memadai untuk mengatasi banjir-banjir besar. Paling-paling berguna untuk menyalurkan banjir kecil yang terjadi tiap musim hujan dan biasanya yang terhindar hanyalah bagian kota bawah.
Pemecahan tata air yang paling menyeluruh dan berhasil ialah perencanaan perbaikan tata air oleh Ir. H. van Breen yang diajukan pada tahun 1911 dengan banjir kanalnya yang terkenal itu. Pekerjaan ini dimulai dalam tahun 1913 dengan pembuatan saluran dari pintu air Manggarai menyusuri pinggiran kota waktu itu di bagian selatan dan barat untuk akhirnya bermuara di daerah Muara Karang. Setelah dibuat saluran pengalih air banjir boleh dikatakan masalah banjir dapat diatasi, paling tidak di daerah Jakarta yang "gedongan" Patut diingat bahwa pada tahun 1930-an wilayah "gemeente" (kotapraja) Batavia, tanpa Jatinegara, hanya meliputi luas 155 km persegi dan penduduknya termasuk Jatinegara hanya 300.000 orang.
Setelah kemerdekaan dan menjadi Ibukota Republik perkembangan kota dan pertambahan penduduk mengalami ledakan yang tak pemah dialami sebelumnya. Kalau sebelum perang dunia Batavia  direncanakan Belandauntuk bisa menampung sekitar 600.000 orang penduduk, ternyata pada tahun 1961 jumlah penduduk telah mencapai jumlah 3 juta.
Pada waktu sekarang diperkirakan jumlah itu telah menjadi dua kali lipat. Jelas bahwa rencana Breen yang membuat banjir kanal itu sudah tidak banyak manfaatnya lagi setelah tahun limapuluhan. Sementara itu rencana penanggulangan banjir yang menyeluruh dan ditangani secara besar-besaran baru dilaksanakan setelah tahun 1966. Perbaikan demi perbaikan telah dikerjakan, tetapi sementara itu kota dan penduduknya mengembang terus, seperti berlomba dengan peningkatan dan perbaikan prasarana kota. Yang manakah gerangan akan tertinggal?
(Inilah sejarah banjir di Jakarta yang berhasil dikumpulkan oleh Siswadhi, dan dimuat dalam Intisari edisi Maret 1982)